El colombiano Nairo Quintana sustituyó al español Jon Izagirre, compañero suyo en el equipo Movistar, al frente de la general de la Vuelta a Romandía (Suiza), tras ser el ganador de la segunda etapa, luego de que el ruso Ilnur Zakarin (Katusha), quien pasó primero la línea de meta, fuera sancionado por cerrar al boyacense en este embalaje final.

Quintana y Zakarin, quienes se habían destacado en el ascenso al puerto de primera que culminaba la segunda etapa en línea, se jugaron la etapa al esprint. El colombiano tomó la iniciativa, pero el ruso lo rebasó a 30 metros de la raya y luego se cruzó en su trayectoria para impedir una postrera reacción del líder del Movistar.

Quintana encabeza la general con diez segundos de ventaja sobre el propio Zakarin y 16 sobre Jon Izaguirre, que hoy terminó sexto en la etapa, dentro del primer grupo perseguidor.

Zakarin invirtió un tiempo de 4 horas 28 minutos 40 segundos en el trayecto de 173,9 km entre Moudon y Morgins. El primer grupo, con el portugués Rui Costa al frente, cruzó la meta 26 segundos después.

Una vez echada abajo la escapada del día, el pelotón llegó unido a los 17 últimos kilómetros, camino del puerto de primera que coronaba la etapa en Morgins. Una avería mecánica de Chris Froome, en ese punto, provocó el corte del británico, en una etapa que antes de su comienzo dejó fuera al australiano Richie Porte, líder del equipo BMC, aquejado de gastroenteritis.

A 6,5 km, en pleno ascenso, Nairo Quintana se fue por delante y poco después lo alcanzó Ilnur Zakarin. Por detrás intentaron reaccionar, primero Thibaut Pinot, luego Rigoberto Urán y después Rui Costa. Ninguno pudo alcanzarlos.